CRISPR文庫
CRISPR/Cas9系統是當今基因編輯領域最熱門的明星工具,2013年,Broad研究所的兩個研究團隊分别在Science雜志同一期上發表了CRISPR文庫的相關研究。在此之後,基于CRISPR/Cas9的工具得到了快速發展,CRISPRa,CRISPRi及CRISPR敲除文庫已經廣泛用于證明新的生物學機制,如耐藥性和細胞存活信号。多篇CNS(Cell、Nature、Science)連續報道。利用該技術,研究人員在藥物靶标發現、基因功能研究、藥物敏感基因研究等領域取得了巨大的成功。
1. HYY現有CRISPR篩選文庫
文庫類型 | 文庫簡介 | 價格 |
人源lncRNA 激活庫 | Human CRISPR lncRNA Activation Pooled Library (SAM-3)
靶向激活10,504個lncRNA |
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人源敲除庫 | Human CRISPR Knockout Pooled Library (GeCKO v2)
靶向敲除19,050個mRNA 及1864個miRNA |
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人源激活庫 | Human CRISPR Activation Library (SAM-2)
靶向激活23,430個mRNA |
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小鼠敲除庫 | Mouse CRISPR Knockout Pooled Library (GeCKO v2)
靶向敲除20,611個mRNA 及1175個miRNA |
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小鼠激活庫 | Mouse CRISPRa sgRNA library Caprano (P65-HSF)
靶向激活22,774 (Set A), 22,658 (Set B) 個mRNA |
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其他 | 個性化定制 CRISPR/cas9 慢病毒文庫
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2. 全基因組CRISPR文庫有什麽作用,能應用于哪些方面,相對其他的有什麽優勢?
以全基因敲除文庫爲例(GeCKO),GeCKO文庫是基于CRISPR-Cas9敲除技術,靶位點覆蓋全基因組的敲除庫。目前我們所擁有的是人類基因組CRISPR敲除文庫,其涵蓋了19050個靶基因,每個基因設計了6個靶位點(分爲A,B兩個子文庫,每個子文庫各含3個靶位點),并涵蓋1864個miRNA,每個miRNA有4個靶位點,同時含有1000個空白對照sgRNA質粒,共由123411個sgRNA靶标質粒組成。
可以将GeCKO文庫質粒進行病毒包裝,利用CRISPR敲除文庫病毒轉染目的細胞,可以獲得該目的細胞的全基因組敲除的細胞庫,根據不同的實驗目的,采用相應的篩選方式獲得存活下來的細胞,通過高通量測序,即可得到相應的富集的sgRNA靶位點,篩選出相應的功能缺失型基因。RNA幹擾(RNAinterference,RNAi)文庫曾被廣泛應用于功能缺失型基因篩選。利用RNA幹擾鑒定高等生物基因功能的技術雖然已經普及,甚至被應用于高通量、全基因組規模的功能性篩選中,但是由于RNA幹擾不能完全抑制基因表達,常常不足以造成穩定的表型變化,從而影響對基因功能的正确判斷。另外,RNA幹擾經常伴随脫靶現象,其基因回補驗證的過程也非常繁瑣複雜,使用起來不盡如人意,因此必将逐步被CRISPR敲除文庫所取代。